Wprowadzona w 1999 roku reforma systemu oświaty dotyczyła zmian programowych nauczania i struktur kształcenia. Powołała do życia nowy typ placówki – gimnazjum. Rada Gminy 1 września 1999 Uchwałą NR VI (40) 99 z dnia 15 marca 1999 roku powołała do życia Gimnazjum w Przecławiu, które swoim obwodem szkolnym obejmowało całą gminę Przecław. Do szkoły uczęszczała i uczęszcza nadal młodzież z 6 szkół podstawowych funkcjonujących na terenie gminy.

Dnia 29 grudnia 2001 roku Rada Gminy  Uchwałą  nr XXXV  powołała do życia Liceum Ogólnokształcące w Przecławiu.

W roku 2002  Rada Gminy Uchwałą XXXVII/235/2002 postanowiła utworzyć Zespół Szkół w Przecławiu, w skład którego weszły Gimnazjum i Liceum Ogólnokształcące.

W roku 2010 Gimnazjum w Zespole Szkół w Przecławiu otrzymało imię ks. Jerzego Popiełuszki.

Od momentu powstania szkoły  funkcję dyrektora pełnili:

mgr Barbara Dybska

mgr Joanna Remiszewska

mgr Ewa Arciszewska

mgr Lidia Jemioło-Proczek

Aktualnie dyrektorem szkoły jest mgr Elżbieta Bała.

Obecnie w Zespole Szkół uczy się 106 uczniów: 73 w Gimnazjum i 33 w Liceum.